ウェルネオシュガーは中期経営計画「WELLNEO VISION2027」（2025年3月期～2028年3月期）で、「Sugarの基盤強化」「Food＆Wellnessの事業拡大」を重点戦略に掲げる。砂糖事業から創出した経営資源をフードサイエンス領域に積極的に投入。持続的な成長に向けた経営基盤の構築を図っている。
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ウェルネオシュガーは、2024年10月に傘下の日新製糖、伊藤忠製糖と完全統合。また、2025年10月の第一糖業、2026年10月の東洋精糖との合併を経て、全国を5工場（うち、自社工場3拠点＝中部・関西・九州工場）で網羅する生産・供給体制を構築している。
山本貢司社長は「中計の2年間で約12億円のシナジーが実現したが、これで終わりではない。東洋精糖との合併で再編は一段落となるが、今後も製品規格の統一や生産・出荷拠点の見直しなど統合シナジーの追求は続いていく」と述べる。
東洋精糖との合併を機に、フードサイエンス領域は機能性食品素材や食品添加物など事業が一気に拡大した。オリゴ糖やサイクロデキストラン（CI）など糖由来のフローラデザイン素材に加え、ルチン、ヘスペリジンなど糖転移技術を活用したポリフェノール素材など多彩な製品ラインアップとなっている。
組織面では、従来のネオ機能性素材部を戦略企画部、営業部、研究開発部、生産部、新工場プロジェクト推進室の4部1室からなる「機能性素材本部」に格上げした。人員数も30人から80人へと拡充。本部拠点を旧東洋精糖本社（日本橋富沢町）とする一方で、関東の研究開発部門は美浜バイオプラント（千葉市美浜区）に集約した。
機能性素材本部のビジョンは「オンリーワンの素材・機能で新しい価値を生み出す」。山本社長は「合併でお客様の幅が広がり、製品開発のヒントやニーズを吸い上げる力も強くなった。両社がこれまで培ってきた素材・技術を組み合わせることで、お客様に新たな価値を提供したい」と新組織編成に込めた思いを語った。
機能性素材の生産拠点整備も着々と進んでいる。旧東洋精糖千葉工場は、ルチンやヘスペリジンの旺盛な需要を受けて千葉県佐倉市に新工場を建設。2027年4月の稼働を目指し、製造能力は2～3倍に拡張される。美浜バイオプラントは、2025年4月にガラクトオリゴ糖の自社生産を開始。2026年4月にはCIの生産を従来の沖縄ラボから移管し、生産能力を約10倍に拡充した。
機能性食品素材の市場規模は約2500億円、食品添加物は約1兆3000億円とされ（同社調べ）、糖を起点とした素材・技術で成長市場に切り込んでいく考えだ。山本社長は、「糖の機能性研究にはまだまだ広がりがある。糖の無限の可能性を追求し、新たな素材・技術の掛け合わせなど研究開発を進める。健康を通じて人々の幸福に寄与したい」と力を込めた。